TissueFAXS系统不仅可以进行肿瘤区域、非肿瘤区域的划分，甚至可分层化区别特定组织范围。系统在识别结直肠癌样本肿瘤上皮的基础上，根据间质与肿瘤距离关系，将间质划分成不同层级。进而统计间质内Treg 细胞分布模式及功能状态与分布相关性。实现肿瘤微环境的进一步 细化分析。

特异性神经元量化分析方案，利用形态学识别的方法，可以在多种不同样本类型（HE，IHC，IF 等）中，识别出神经元胞体和突起。按照不同功能、不同区域的神经元外型的差异，在免疫组化样本中，对细胞体和神经突的大小、长度、分支数量进行识别定量，并根据不同功能与不同区域，区分单极/多级神经元。还可以通过对神经元胞体及神经突起的空间位置信息，使不同神经元突起之间，接触数量的识别与定量分析成为可能。

利用多色技术标记不同淋巴细胞是研究肿瘤微环境免疫状态的常用方法。借助TissueFAXS系统量化组织切片中每个细胞核、质、膜着色，利用散点图与原始影像联动判断多marker共表达情况、轻松实现细胞表型分类。

利用特异性核酸荧光探针以及免疫荧光技术，同时标记相关蛋白及核酸，不但可以从图像中精准定量病毒在细胞内外的数量及位置,建立通过肉眼可以判断的病毒载量定量标准，同时分析病毒的增殖侵袭过程和组织的相互空间关系！